Eyyub Şirin oğlu Xanbudaqov 1893-cü ildə Gəncədə anadan olub.
Gencexeber.az məlumat verir ki, o, ilk təhsilini Gəncədə alıb, sonra Bakıya gedib. 1909-cu ildə Xanbudaqov Kaspi donanmasında matros işləməyə başlayıb. Daha sonra isə Bakıdakı Dənizçilik məktəbinə daxil olub və 1913-cü ildən kapitan köməkçisi vəzifəsini icra etməyə başlayıb.
Eyyub Xanbudaqov 1915-ci ildən sosialistlərin sırasına qoşulur. 1918-ci ildə Hümmət təşkilatına daxil olur. Xanbudaqov 1918-ci ildə yaranan Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətini burjua-mülkədar hökuməti adlandırırdı. O, Azərbaycanda sovet hakimiyyətinin qurulmasının tərəfdarlarından biri olub.
1920-ci illərin əvvəllərində Eyyub Xanbudaqov Azərbaycan Xalq Komissarları Şurası yanında Fövqəladə Komissiyanın sədri, Mərkəzi İcraiyyə Komitəsinin üzvü, Azərbaycan İstehlak Cəmiyyətləri İttifaqının sədri, Azərbaycan Həmkarlar İttifaqları Şurasının sədr müavini seçilir. O, 1922-ci ildə Azərbaycan Kommunist Partiyasının (AKP) MK katibi təyin olunur.
Eyyub Xanbudaqov Azərbaycanda mədəni quruculuqda nöqsanlara yol verildiyindən, milli məsələnin həyata keçirilməsinin və vergi işinin düzgün təşkil edilmədiyindən, yerli əhali arasında savadsızlığın aradan qaldırılmasına az vəsait ayrılmasından narazı olur. 1923-cü ildə KP-nin 12-ci ÜmumBakı konfransında onun fikirləri rus-erməni kommunistlərinin kəskin etirazı ilə qarşılanır.
1 noyabr 1927-ci ildə partiya təşkilatının konfransında Eyyub Xanbudaqov deyir: "Partiya aparatında bürokratizm güclənir, demokratiya məhv edilir, məcburetmə sistemi, cəza tədbirləri sürətlə artır…".
1926-1930-cu illərdə Xanbudaqov müxtəlif vəzifələrdə çalışsa da, daim təqiblərə məruz qalır.
Eyyub Xanbudaqov 18 dekabr 1936-cı ildə repressiya olunur, 12 oktyabr 1937-ci ildə isə xalq düşməni adı ilə güllələnir.
