Gəncə toponiminin mənası haqqında yazmış bəzi tədqiqatçılar onu fars dilindəki “gənc” – “xəzinə” sözü ilə əlaqələndiriblər. Lakin bir çox tədqiqatçılar şəhərin adının türk mənşəli olduğunu göstərirlər. Onların sırasında onu “güncək” (günəşli), “gencə” (geniş, əhatəli) sözləri ilə, həmçinin qədim türk tayfalarının adı ilə də bağlayanlar var.
Azərbaycanın tanınmış tarixçisi, etnoqrafı Qiyasəddin Qeybullayev bu adın fars mənşəli olduğunu yanlış fikir adlandırır və onun türk mənşəli olduğuna dair bir sıra dəlillər gətirir. Onun fikrinə əsasən, həm Atropatenada, həm də Albaniyada sakların yaşadığı ərazi olan Gəncənin adı sakların içərisində Gəncək adlı tayfanın olması ilə bağlıdır. Gəncək etnoniminin ikinci hissəsi olan “cək” komponenti türk dillərində “s” hərfinin “c” ilə əvəzlənməsinə görə məhz sak etnonimini əks etdirir. Qədim mənbələrdə Gəncənin Qanzak adlanması da bununla əlaqədardır.
Tarixçi ikinci sübut kimi Orta Asiyada orta əsrlərdə bir neçə Gəncək adlı şəhərin məlum olduğunu nümunə gətirir. Orta Asiyada yaşayan və mənşəcə türk olan qazaxlarda, qırğızlarda, özbəklərdə və türkmənlərdə indi də tayfa adları ilə bağlı çoxlu Gəncə adlı yaşayış məntəqələri var.
Qeybullayev Pəhləvi dilində olan bir mənbədə Gəncə şəhərinin turanlı Əfrasiyab tərəfindən tikildiyi haqqında məlumatı qeyd edir. İran şairi Firdovsinin “Şahnamə” əsərinə görə, Əfrasiyab Turan şahı və qəhrəmanı, İranın baş düşməni olmuşdur. Nizami Gəncəvi “Xosrov və Şirin” poemasında Şirinin Əfrasiyab nəslindən olduğunu yazmışdır. Şirin “Qara gözlü türkəm bu dam üstə mən” sözlərini işlədir. Tarixçinin ehtimalına görə, Əfrasiyab tarixi şəxsiyyətdir və Midiyada yaşayan sakların – turların başçısı olmuşdur. Onun adı Avestada da çəkilir. Orada deyilir ki, tur (sak) tayfasından olan Franqrasian (Əfrasiab) iranlıların (arilərin) Arvyuşayana ölkəsini tutmuş, lakin İran şahı Keyxosrov onu Çiçəst (indiki Urmiya) gölü yanında öldürmüşdür.
