Gəncə mədrəsəsi Gəncəçayın sol sahilində, Gəncənin mərkəzində yerləşən Şah Abbas məscidinin şərq və qismən cənub hissəsindəki hasarı boyunca yerləşib. Mədrəsənin yalnız bir hissəsi günümüzə kimi gəlib çıxıb.
Gencexeber.az məlumat verir ki, mədrəsə binası bir mərtəbədən ibarət və uzunsov formaya malik olub. Dini təhsil ocağının qabaq divarı sadə çatma tağların əvəzlənməsi üsulu ilə qurulub. Mədrəsə binasının əsas giriş qapısı tağvari formada olub. Bu qapı Şah Abbas məscidinin şərq qapısı ilə, demək olar ki, üz-üzə açılıb. Mədrəsənin sinifləri kiçik otaqlardan ibarət idi.
1830-cu ildə burada 100-ə qədər tələbə təhsil alıb. Təhsil haqqı oxuma vaxtından asılı idi və bir abbasıdan üç abbasıya (Səfəvilər dövlətində rəsmi pul vahidi) kimi dəyişib. O vaxt Gəncədə bir abbası gümüş pulla 14 qəpik, mis pulla isə 49 qəpik idi.
Həmçinin məscidin həyətində kiçik birmərtəbəli binalar mövcud olub. Burada ruhanilər, dərvişlər, seyidlər və mədrəsədə oxuyan tələbələr yaşayıblar. 1804-cü ildə belə binaların sayı 47-yə çatırdı.
Gəncə mədrəsəsində təbiətşünaslıq, riyaziyyat, astronomiya, memarlıq, fəlsəfə, məntiq və islam elmini öyrənirdilər.
XVIII əsr şairi və maarifçisi Mirzə Şəfi Vazeh mədrəsədə xəttatlıq və Azərbaycan dilindən dərs deyib. Ehtimal edilir ki, onun tələbələrindən biri olan maarifçi, milli dramaturgiya və ədəbiyyatşünaslığın banilərindən Mirzə Fətəli Axundzadə də Gəncə mədrəsəsində təhsil alıb.
Sonralar mədrəsə binasında rus-müsəlman məktəbi fəaliyyət göstərib.
Mədrəsə və məscid nəzdində vaxtı ilə kitabxana mövcud olub. Sovet dövründə burada olan kitabları məscidin həyətində tonqal qalayıb yandırıblar. Həmçinin bu dövrdə mədrəsə binası da dağıdılıb.
Hazırda mədrəsə binası bərpa olunub.
