Gəncə toponiminin mənası haqqında yazmış bəzi tədqiqatçılar onu fars dilindəki "gənc" – "xəzinə" sözü ilə əlaqələndiriblər. Lakin bir çox araşdırmaçılar şəhərin adının türk mənşəli olduğunu bildirirlər. Onların sırasında Gəncə adını qədim türk tayfalarının adı ilə də bağlayanlar var.
Azərbaycanın tanınmış tarixçisi, etnoqrafı Qiyasəddin Qeybullayev bu adın fars mənşəli olduğunu yanlış fikir adlandırır və onun türk mənşəli olduğuna dair bir sıra dəlillər gətirir.
Onun araşdırmalarına əsasən, həm Atropatenada, həm də Albaniyada sakların yaşadığı ərazi olan Gəncənin adı sakların içərisində Gəncək adlı tayfanın olması ilə bağlıdır.
Tarixçi ikinci sübut kimi Orta Asiyada orta əsrlərdə bir neçə Gəncək adlı şəhərin məlum olduğunu nümunə gətirir. Orta Asiyada yaşayan və mənşəcə türk olan qazaxlarda, qırğızlarda, özbəklərdə və türkmənlərdə indi də tayfa adları ilə bağlı çoxlu Gəncə adlı yaşayış məntəqələri var. Gəncək etnoniminin ikinci hissəsi olan "cək" komponenti türk dillərində "s" hərfinin "c" ilə əvəzlənməsinə görə məhz sak etnonimini əks etdirir. Qədim mənbələrdə Gəncənin Qanzak adlanması da bununla əlaqədardır.
Qeybullayev Pəhləvi dilində olan bir mənbədə Gəncə şəhərinin turanlı Əfrasiyab tərəfindən tikildiyi haqqında məlumatı qeyd edib.
Qeyd edək ki, İran şairi Firdovsinin "Şahnamə" əsərinə görə, Əfrasiyab Turan şahı və qəhrəmanı, İranın baş düşməni olub. Nizami Gəncəvi "Xosrov və Şirin" poemasında Şirinin Əfrasiyab nəslindən olduğunu yazıb.
Tarixçinin ehtimalına görə, Əfrasiyab tarixi şəxsiyyətdir və Midiyada yaşayan sakların başçısı olub. Onun adı Avestada da çəkilir. Orada deyilir ki, Əfrasiyabı İran şahı Keyxosrov Çiçəst (indiki Urmiya) gölü yanında öldürüb.
