1990-cı illərdə təzyiqlərə baxmayaraq, Azərbaycanın ilk Baş prokuroru İsmət Qayıbov ermənilərə qarşı mövqeyini açıq bildirib. O, 1991-ci ildə verdiyi son müsahibədə ermənilərin cinayətlərinin sovet rəhbərliyi tərəfindən cəzasız qalmasına etiraz edib, bu əməlləri “biabırçılıq” adlandırıb. Qayıbov 20 Yanvar faciəsini “Azərbaycan xalqının öz müstəqilliyi uğrunda apardığı mübarizə” adlandırıb və bildirib ki, “bu şəhidlər hərbi diktaturanın əleyhinə küçələrə çıxıblar”.
18 noyabr 1991-ci ildə Qorbaçovun şəxsi köməkçisi Kremldən Bakıya zəng vuraraq Respublika rəhbərliyindən Təhlükəsizlik Şurasının növbəti iclasını Dağlıq Qarabağda keçirməyi xahiş edib. Buna səbəb həmin ərazidəki torpaq iddiasında olan erməni liderlərinin və Moskva nümayəndələrinin də bu iclasda iştirakının planlaşdırılması idi. Telefon zəngindən sonra Bakıda siyahı tərtib edilir. Rəsmi Moskva həmin vaxt Azərbaycanda nüfuza malik şəxslərin, o cümlədən İsmət Qayıbovun bu siyahıda yer alması üçün xüsusilə israr edir. Siyahıya keçmiş SSRİ-nin dövlət xadimi Viktor Polyoniçkonun başçılıq etməsi haqqında qərar qəbul olunsa da, faciədən bir gün əvvəl onun adı siyahıdan çıxarılır.
Siyahıya daxil olan 22 nəfər Ağdama uçaraq Xocavəndin ermənilər tərəfindən yandırılmış kəndinin sakinləri ilə görüş keçirir və hadisə yerinə getmək qərara alınır. 20 noyabr 1991-ci ildə Ağdam uçuş zolağından Mİ-8 tipli iki vertolyotun uçması planlaşdırılır. Lakin dövlət məmurlarının mindiyi vertolyot müşayiət olunmadan, təhlükəsizliyi təmin edilmədən havaya qalxır. Qarakənd üzərində üç yüz metr yüksəklikdə uçan Mİ-8 N72 vertolyotu saat 14:42-də vurulur. Vertolyotda olan 22 nəfər dövlət məmuru, o cümlədən İsmət Qayıbov həlak olurlar.
Qəzanın səbəbi olaraq helikopterin hava şəraiti ilə bağlı qayaya çırpılması göstərilsə də, sonradan ekspertiza nəticəsində onun vurulma faktı təsdiqlənib. Bəzi dəlillərə əsasən, vertolyotun içərisində yanğın baş verməzdən əvvəl atışma olub. Vurulmuş helikopterin “qara qutusu” Azərbaycan hakimiyyəti tərəfindən Moskvaya təhvil verilib və tezliklə onun yandığı elan edilib. Həmin il bu faktla bağlı Hərbi Qarnizon Prokurorluğu tərəfindən cinayət işi açılsa da, sonradan istintaq dayandırılıb.
Qeyd edək ki, İsmət İsmayıl oğlu Qayıbov 8 oktyabr 1942-ci ildə Gəncə şəhərində dünyaya göz açıb. Orta təhsilini Gəncə şəhər 1 saylı Maksim Qorki adına məktəbdə alıb. Hazırda Gəncədə 1 nömrəli tam orta məktəb İsmət Qayıbovun adını daşıyır.
